清水 啓史

所属部署名形態機能医科学講座 分子生理学
教員組織形態機能医科学講座
教育研究組織医学部医学科
職名講師
更新日: 19/07/23 18:48

研究者基本情報

氏名

    清水 啓史
    シミズ ヒロフミ
    SHIMIZU Hirofumi

所属

  •  形態機能医科学講座 分子生理学 講師

学歴

  • - 2000年東京大学 生物化学

学位

  • 博士(理学)

所属学協会

    米国生物物理学会 一般会員,日本生理学会 一般会員,日本生物物理学会 一般会員,

研究活動情報

論文

  • Temperature-Jump effects on the single molecular dynamics of the KcsA Potassium
    H.Shimizu, M.Iwamoto
    J. Physiol. Sci 67(Suppl) S118 2017年 査読無し
    Hirofumi Shimizu,
  • Photoresist Micro-Chamber for the Diffracted X-ray Tracking Method Recording Single-Molecule Conformational Changes
    K.Tahara, Y.Hirai, H.Shimizu, T.Tsuchiya, O.Tabata
    Procedia Engineering 163 1394-1397 2016年 査読有り
  • Specific interactions between alkali metal cations and the KcsA channel studied using ATR-FTIR spectroscopy
    Y. Furutani, H. Shimizu, Y. Asai, S. Oiki, H. Kandori
    Biophys and Physicobiology 12 37-45 2015年 査読有り
    S. Oiki,
  • Surface-enhanced IR absorption spectroscopy of the KcsA potassium channel upon application of an electric field
    A. Yamakata, H. Shimizu, S. Oiki
    Phys Chemistry Chemical Physics 17 21104-21111 2015年 査読無し
    S. Oiki
  • pH-dependent promotion of phospholipid flip-flop by the KcsA potassium channel
    Nakao, H., Ikeda, K., M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki, Ishihara, Y, Nakano, M.
    BBA Biomemb 1848 145-150 2015年 査読有り
  • Structural changes of the KcsA potassium channel upon application of the electrode potential studied by surface-enhanced IR absorption spectroscopy
    A.Yamakata, H.Shimizu, M.Osawa, S.Oiki
    Chemical Physics 419 224-228 2013年 査読有り
  • Single Molecular Gating Dynamics for KcsA Potassium Channel
    S.Oiki, H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno
    Adv. Chem. Phys. 146 147-194 2011年11月 査読有り
  • A cytotoxic peptide from a marine sponge exhibits ion channel activity through vectorial-insertion into the membrane
    M.Iwamoto, H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Oiki
    FEBS Lett. 584(18) 3995-3999 2010年09月 査読有り
  • A Cytotoxic Peptide from a Marine Sponge, Polytheonamide B: I. Channel Activity and Vectorial-Insertion Into the Membrane
    M.Iwamoto, H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Matsunaga, S.Oiki
    Biophys. J. 98(3) 110a 2010年01月
  • A Cytotoxic Peptide from a Marine Sponge, Polytheonamide B; II. Properties for Ion Conduction and Voltage Dependent Gating
    M.Iwamoto, H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Matsunaga, S.Oiki
    Biophys. J. 98(3) 109a 2010年01月
  • pH-Dependent gating of KcsA potassium channel
    Y.Matsuki, M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    Biophys J 98(3suppliment1) 314a 2010年01月 査読無し
  • Ion distribution in the open KcsA channel evaluated by the streaming potential
    M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    J. Physiol. Sci. 59 suppl 256 2009年
  • The water-ion coupling ratio for ion permeation through the KcsA potassium channel: Dependencies on concentration and species of permeating ions
    M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    Biophys. J. 96 suppl 179a 2009年
  • Topological mapping of the asymmetric drug binding to the human ether-a-go-go-related gene product (HERG) potassium channel by use of tandem dimers
    T.Myokai, H.Shimizu, S.Ryu, S.Oiki
    Mol Pharmacol 73(6) 1643-51 2008年06月 査読有り
  • Global Twisting Motion of Single Molecular KcsA Potassium Channel Upon Gating
    H. Shimizu, M. Iwanoto, T. Konnno, A. Nihei, Y. C. Sasaki, S. Oiki
    Cell 132(1) 67-78 2008年01月 査読有り
  • Kチャネルのイオン透過機構:新しい流動電位測定法により明らかになったイオンー水流束比
    老木 成稔, 安藤 博之, 久野 みゆき, 清水啓史, 岩本真幸
    生物物理 48(4) 246-252 2008年 査読有り
  • Flux coupling between ion and water in the K+ selective pore
    M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    J. Physiol. Sci. 58 suppl s77 2008年 査読無し
  • Surface structure and its dynamic rearrangements of the KcsA potassium channel upon gating and tetrabutylammonium blocking
    M.Iwamoto, H.Shimizu, F.Inoue, T.Konno, Y.C.Sasaki, S.Oiki
    J. Biol. Chem. 281 28379-28386 2006年09月 査読有り
  • Conformational changes in the cytoplasmic domain of KcsA potassium channel upon gating
    M.Iwamoto, H.Shimizu, F.Inoue, T.Konno, A.Nihei, Y.C.Sasaki, S.Oiki
    J. Physiol. Sci. 56 suppl s157 2006年 査読無し
  • Paradoxical inhibition of protein aggregation and precipitation by transglutaminase-catalyzed intermolecular aross-lonking
    Konno,T., Morii,T., Shimizu, H., Oiki,S., Ikura,K.
    J. Biol. Chem 280(17) 17520 -17525 2005年04月 査読有り
  • Coupled K+-Water Flux through the HERG Potassium Channel Measured by an Osmotic Pulse Method
    H.Ando, M.Kuno, H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Oiki
    J. Gen. Physiology 126(5) 529-538 2005年01月 査読有り
  • Probing cytoplasmic domain of single KcsA channel by use of surface plasmon resonance signal and planar lipid bilayer
    M.Iwamoto, H.Shimizu, F.Inoue, T.Konno, Y.C.Sasaki, S.Oiki
    Jpn. J. Physiol. 55 suppl s135 2005年 査読無し
  • Interaction between Tetraethylammonium and Permeant Cations at the Inactivation Gate of the HERG Potassium Channel
    Shimizu,H., Toyoshima,C., Oiki,S.
    Jpn. J. Physiol 53(1) 25-34 2003年02月 査読有り
  • pH-dependent promotion of phospholipid flip-flop by the KcsA potassium channel
    Nakao, Hiroyuki;Ikeda, Keisuke;Iwamoto, Masayuki;Shimizu, Hirofumi;Oiki, Shigetoshi;Ishihama, Yasushi;Nakano, Minoru
    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES 1848(1) 145-150 2015年
  • Surface-enhanced IR absorption spectroscopy of the KcsA potassium channel upon application of an electric field
    Yamakata, Akira;Shimizu, Hirofumi;Oiki, Shigetoshi
    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 17(33) 21104-21111 2015年
  • Specific interactions between alkali metal cations and the KcsA channel studied using ATR-FTIR spectroscopy
    Furutani Yuji;Shimizu Hirofumi;Asai Yusuke;Oiki Shigetoshi;Kandori Hideki
    Biophysics and Physicobiology 12 37-45 2015年
    The X-ray structure of KcsA, a eubacterial potassium channel, displays a selectivity filter composed of four parallel peptide strands. The backbone carbonyl oxygen atoms of these strands solvate multiple K+ ions. KcsA structures show different distributions of ions within the selectivity filter in solutions containing different cations. To assess the interactions of cations with the selectivity filter, we used attenuated total reflection Fourier-transform infrared (ATR-FTIR) spectroscopy. Ion-exchange-induced ATR-FTIR difference spectra were obtained by subtracting the spectrum of KcsA soaked in K+ solution from that obtained in Li+, Na+, Rb+, and Cs+ solutions. Large spectral changes in the amide-I and -II regions were observed upon replacing K+ with smaller-sized cations Li+ and Na+ but not with larger-sized cations Rb+ and Cs+. These results strongly suggest that the selectivity filter carbonyls coordinating Rb+ or Cs+ adopt a conformation similar to those coordinating K+ (cage configuration), but those coordinating Li+ or Na+ adopt a conformation (plane configuration) considerably different from those coordinating K+. We have identified a cation-type sensitive amide-I band at 1681 cm−1 and an insensitive amide-I band at 1659 cm–1. The bands at 1650, 1639, and 1627 cm–1 observed for Na+-coordinating carbonyls were almost identical to those observed in Li+ solution, suggesting that KcsA forms a similar filter structure in Li+ and Na+ solutions. Thus, we conclude that the filter structure adopts a collapsed conformation in Li+ solution that is similar to that in Na+ solution but is in clear contrast to the X-ray crystal structure of KcsA with Li+.
  • Hexameric and pentameric complexes of the ExbBD energizer in the Ton system.
    Maki-Yonekura Saori;Matsuoka Rei;Yamashita Yoshiki;Shimizu Hirofumi;Tanaka Maiko;Iwabuki Fumie;Yonekura Koji
    eLife 7 2018年
    :Gram-negative bacteria import essential nutrients such as iron and vitamin B12 through outer membrane receptors. This process utilizes proton motive force harvested by the Ton system made up of three inner membrane proteins, ExbB, ExbD and TonB. ExbB and ExbD form the proton channel that energizes uptake through TonB. Recently, crystal structures suggest that the ExbB pentamer is the scaffold. Here, we present structures of hexameric complexes of ExbB and ExbD revealed by X-ray crystallography and single particle cryo-EM. Image analysis shows that hexameric and pentameric complexes coexist, with the proportion of hexamer increasing with pH. Channel current measurement and 2D crystallography support the existence and transition of the two oligomeric states in membranes. The hexameric complex consists of six ExbB subunits and three ExbD transmembrane helices enclosed within the central channel. We propose models for activation/inactivation associated with hexamer and pentamer formation and utilization of proton motive force.

講演・口頭発表等

  • KcsAチャネル開閉構造変化の遷移過程における立体構造安定性地形
    清水啓史、岩本真幸
    第95回 日本生理学会 2018年03月 選考有り
  • Development of a Method for Recording Single-Molecule Dynamics of Proteins in a Sub-millisecond time resolution
    Hirofumi Shimizu
    Pacific Rim Nano Medicine Symposium 2018 -The 9th Japan-Taiwan Symposium on Nanomedicine 2018年01月 選考無し
  • 低X線散乱ノイズ観測チャンバー開発による蛋白質1分子構造変化計測
    清水 啓史,田渕 友樹,田原 樹生,岩本 真幸,平井 義和,土屋 智由, 田畑修
     第34回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム  2017年10月 選考有り
  • Structural Stabilities during Gating Transitions in KcsA Potassium Channel Revealed by Single-Molecule Dynamics Recordings
    Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto
    第55回日本生物物理学会年会 2017年09月 選考有り
  • An Approach to Structural Analysis of a Small Membrane Protein KcsA by Cryo-electron Microscopy
    Hiroko Takazaki, Hirofumi Shimizu, Naoko Kajimura, Kaoru Mistuoka, Takuo Yasunaga
    第55回日本生物物理学会年会 2017年09月 選考有り
  • Single -Molecule Recordings of Gating Motions of KcsA Potassium Channels at Sub-millisecond Time Resolution
    Hirofumi Shimizu
    Conformational Ensembles from Experimental Data and Computer Simulations., Biophysical Society thematic meeting. 2017年08月 選考有り
  • KcsAカリウムイオンチャネルの1分子運動に対する試料温度ジャンプの影響
    清水 啓史、岩本 真幸
    第94回日本生理学会 2017年03月 選考有り
  • Single-Molecule Fluctuations and Conformational Changes of KcsA Potassium Channel
    H.Shimizu
    The 8th Japan-Taiwan symposium on Nanomedicine 2017年03月 選考無し
  • X線1 分子動態計測法への試料温度ジャンプシステムの導入
    清水 啓史、岩本 真幸
    第54回日本生物物理学会 2016年11月 選考有り
  • Photoresist Micro-Chamber for the Diffracted X-ray Tracking Method Recording Single-Molecule Conformational Changes
    K.Tahara, Y.Hirai, H.Shimizu, T.Tuchiya, O.Tabata
    The 30th EUROSENSORS (EUROSENSORS XXX) 2016年09月 選考有り
  • イオンチャネルの1分子構造変化計測
    清水  啓史
    第一回イオンチャネル研究会 2016年07月
  • 蛋白質の分子揺らぎと構造変化を計測するX線1分子動態計測法の開発
    清水啓史
    第53回日本生物物理学会年会 2015年09月
  • 3次元微細加工技術を応用したX線1分子動態計測用低ノイズマイクロチャンバの開発
    田原樹生,平井義和,清水啓史,土屋智由,田畑 修
    電気学会総合研究会 E部門総合研究会 2015年07月 選考有り
  • Development of the Diffracted X-ray Tracking Method for Recording the Single-Molecule Motions of Ion channel Proteins in a Sub-millisecond Time Resolution
    Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto, Yumiko Oota, Yoshikazu Hirai, Osamu Tabata, Shigetoshi Oiki
    The 45th NIPS International Symposium, co-sponsored by The Journal of Physiology Cutting-edge approaches towards the functioning mechanisms of membrane proteins"" 2014年11月 選考無し 0
  • KcsAカリウムチャネルの開構造への構造変化前における分子揺らぎの増大
    清水 啓史, 岩本真幸, 太田裕美子, 老木成稔
    第52回日本生物物理学会 2014年09月 選考無し 0
  • X線1分子動態計測法で用いる低ノイズ観測チャンバーの開発
    平井 義和, 田畑 修, 清水 啓史
    化学とマイクロ・ナノシステム学会第30回研究会 2014年09月 選考有り 0
  • ポリセオアミドBのプロトン透過とpH依存性ゲーティング
    松木 悠佳, 三田 建一郎, 炭竈 享司, 岩本 真幸, 清水 啓史, 老木 成稔
    第90回日本生理学会大会 2013年03月 選考有り 0
  • カリウムチャネルの選択透過性とゲーティング
    老木 成稔, 岩本 真幸, 炭竈 享司, 清水 啓史
    平成24年度生理学研究所研究会 2012年09月 選考無し 0
  • KcsA カリウムイオンチャネルの溶液条件変化応答1 分子開閉ダイナミクスの解析
    清水 啓史, 岩本 真幸, A. Royant, D. Setten, L. Guerin, 青木 義満, M. Wulff, 老木 成稔
    第50回日本生物物理学会年会 2012年09月 選考無し 0
  • サブミリ秒時間スケールでのKcsA カリウムイオンチャネル開閉構造変化の1 分子動画計測
    清水啓史, 岩本真幸, 今野卓, A. Royant, D. Setten, L. Guerin, M. Wulff, 老木 成稔
    第12回日本蛋白質科学会年会 2012年06月 選考無し 0
  • Development of diffracted X-ray tracking method for measuring gationg transitions of the KcsA potassium channeles in a sub-millisecound time resolution
    H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno, A.Royant, V,D,Stetten, L.Guerin, M.Wolff, S.Oiki
    第89回日本生理学会 2012年03月 選考無し 0
  • Laser-Triggered Single Molecular Gating Motions of the KcsA Potassium Channels Recorded in a Sub-Millisecond Time Resolution
    H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno, A.Royant, S.Von,David, G.Laurent, M.Wulff, S.Oiki
    Biophysical Society 56th Annual Meeting 2012年02月 選考無し 0
  • KcsA チャネルのpH依存性のマグネシウムイオンの効果
    松木 悠佳, 岩本 真幸, 清水 啓史, 老木 成稔
    第58回中部日本生理学会大会 2011年11月 選考有り 0
  • イオンチャネル開閉構造変化の光トリガーX線1分子計測システムの開発
    清水 啓史, 岩本 真幸, 今野 卓, Royant A., von Stetten V.D., Guerin L., 老木 成稔, Wulff M.
    第58回中部日本生理学会大会 2011年11月 選考無し 0
  • X線1分子計測法によるカリウムイオンチャネルの1分子ダイナミクス計測
    H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno, A.ROyant, D.Setten, L.Guerin, M.Wulff, S.Oiki
    第49回日本生物物理学会年会 2011年09月 選考無し 日本生物物理学会
  • Recordings of Gating Motions of the KcsA Potassium Channels in a Single Molecule Level
    H.Shimizu
    New Developments in Time-Resolved Studies with Synchrotron Radiation” Structural Dynamics Workshop of the ESRF Users’ Meeting 2011年01月 選考有り 0
  • Gating Motions of KcsA Potassium Channel Measured in a Single Molecule by Diffracted X-ray Tracking Method
    Hirofumi Shimizu
    Seminaires at Institute of Physics in University of Rennes 2010年12月 選考無し 0
  • 新奇異常ペプチドの一方向膜挿入による一価陽イオン選択性ポアの形成
    岩本 真幸, 清水 啓史, 村松 郁延, 松永 茂樹, 老木 成稔
    日本生物物理学会第48回年会 2010年09月 選考無し 0
  • Conformational changes of KcsA potassium channel during gating detected in a single molecule
    Hirofumi Shimizu
    Scientific Highlights of Soft Matter Science Day (European Synchrotron Radiation Facility), 2010年09月 選考無し 0
  • Gating motions of KcsA potassium channel detected in a single molecule
    H.Shimizu
    Seminars in Institut de Biologie Structurale 2010年09月 選考無し 0
  • Global Twisting Motions of KcsA Potasium Channels upon Gating
    清水 啓史
    Seminar in PSB Carl-Ivar Branden building, 2010年07月 選考無し 0
  • 不活性化しない変異体であるE71A変異体を用いたKcsAカリウムチャネルのpH依存性
    松木 悠佳, 岩本 真幸, 清水 啓史, 老木 成稔
    第87回日本生理学会大会 2010年05月 選考有り 0
  • 海綿由来細胞毒性ペプチドポリセオナミドBのイオンチャネル活性および細胞膜挿入機構
    岩本 真幸, 清水 啓史, 村松 郁延, 松永 茂樹, 老木 成稔
    第87回日本生理学会大会 2010年05月 選考無し 0
  • 不活性化しない変異体であるE71A変異体を用いたKcsAカリウムチャネルのpH依存性
    Y.Matsuki, M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    第87回日本生理学会 2010年05月 選考無し 0
  • エックス線1分子計測法によるイオンチャネル準安定状態の観測
    清水 啓史, 岩本 真幸
    新学術領域「過渡的複合体」キックオフミーティング 2010年05月 選考無し 0
  • PH-DEPENDENT GATING OF KCSA POTASSIUM CHANNEL.
    Y.Matsuki, M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    54th Annumal Meeting The Biophysical Society 2010年02月 選考無し 0
  • A cytotoxic peptide from a marine sponge, polytheonamide B: I. Channel activity and vectorial insertion into the membrane
    M.Iwamoto, H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Matsunaga, S.Oiki
    Biophysical Society 54th Annual Meeting 2010年02月 選考有り 0
  • A cytotoxic peptide from a marine sponge, polytheonamide B: II. Properties for ion conduction and voltage dependent gating
    M.Iwamoto, H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Matsunaga, S.Oiki
    Biophysical Society 54th Annual Meeting 2010年02月 選考有り 0
  • 不活性化しない変異体であるE71Aを用いたKcsAカリウムチャネルのpH依存性
    松木 悠佳, 岩本 真幸, 清水 啓史, 老木 成稔
    日本生理学会中部地方会 2009年12月 選考無し 0
  • 流動電位から解析した開状態KcsAカリウムチャネル内のイオンと水の分布
    岩本 真幸, 清水 啓史, 老木 成稔
    日本生物物理学会第47回年会 2009年11月 選考無し 0
  • 不活性化しない変異体であるE71Aを用いたKcsAカリウムチャネルのpH依存性
    Y.Matsuki, M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    日本生物物理学会 2009年09月 選考無し 日本生物物理学会
  • KcsAカリウムチャネルのイオン透過過程を捉える実験的・論理的戦略
    老木 成稔, 岩本 真幸, 松木 悠佳, 清水 啓史
    生理学研究所研究会 2009年09月 選考無し 生理学研究所
  • KcsA チャネルの透過 ― ゲーティング機構研究の展望と戦略
    老木 成稔, 清水 啓史, 岩本 真幸, 松木 悠佳, 今野 卓
    分子高次系機能解析のための分子科学-先端計測法の開拓による素過程的理解 2009年08月 選考無し 0
  • KcsAカリウムイオンチャネルの構造ダイナミクス研究の現状
    清水 啓史, 岩本 真幸, 今野 卓, 老木 成稔
    分子高次系機能解明のための分子科学 - 先端計測法の開拓による素過程的理解 2009年08月 選考無し 0
  • Ion distribution in the open KcsA channel evaluated by the streaming potential
    M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    36th International Congress of Physiological Sciences 2009年07月 選考有り 0
  • The water-ion coupling ratio for ion permeation through the KcsA potassium channel: Dependencies on concentration and species of permeating ions
    M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    Biophysical Society 53th Annual Meeting 2009年03月 選考無し 0
  • 流動電位測定によるKcsAカリウムチャネルのイオン透過機構の検討
    岩本 真幸, 清水 啓史, 老木 成稔
    日本生物物理学会第46回年会 2008年12月 選考無し 0
  • 電気依存性プロトンチャネルのプロトン透過の温度依存性
    M.Kuno, H.Ando, H.Morihata, H.Sakaki, H.Mori, H.Shimizu, M.Iwamoto, S.Oiki
    日本生物物理学会第46回年会 2008年12月 選考無し 0
  • 1分子構造変化の可視化によって明らかになったKcsAカリウムチャネルの開閉ねじれ運動
    H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno, A.Nihei, Y.C.Sasaki, S.Oiki
    日本生物物理学会第46回年会 2008年12月 選考無し 0
  • KcsAカリウムチャネル開閉に伴うねじれ構造変化の1分子動画計測
    清水 啓史, 岩本 真幸, 今野 卓, 二瓶 亜三子, 佐々木 祐次, 老木 成稔
    第81回日本生化学会 2008年12月 選考無し 0
  • Flux coupling between ion and water in the K+ selective pore
    M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    第85回日本生理学会大会 2008年03月 選考無し 0
  • Water-ion coupling ratios for ion permeation through KcsA channel
    M.Iwamoto, H.Shimizu, S.Oiki
    Biophysical Society 52th Annual Meeting 2008年02月 選考無し 0
  • 表面プラズモン共鳴シグナルを利用したKcsAチャネル細胞質ドメインに関する研究
    岩本 真幸, 清水 啓史, 井上 史子, 今野 卓, 二瓶 亜三子, 佐々木 裕次, 老木 成稔
    日本生物物理学会第43回年会 2005年11月 選考無し 0
  • Probing cytoplasmic domain of single KcsA channel by use of surface plasmon resonance signal and planar lipid bilayer
    M.Iwamoto, H.Shimizu, F.Inoue, T.Konno, Y.C.Sasaki, S.Oiki
    第82回日本生理学会大会 2005年05月 選考無し 0
  • Effect of gating and tetrabutylammonium (TBA) blocking on the surface structure of KcsA potassium channel
    M.Iwanoto, H.Shimizu, F.Inoue, T.Konno, Y.Sasaki, S.Oiki
    51th Biophysical Society Annual Meeting 2007年03月 選考無し
  • Single-molecular measurement of pH-sensitive gating dynamics of KcsA potassium channel by Diffracted X-ray Tracking (DXT)
    H.Shimizu, M.Iwanoto, F.Inoue, T.Konno, Y.Sasaki, S.Oiki
    51th Biophysical Society Annual Meeting 2007年03月 選考無し
  • Single channel molecules in motion: Global twisting of KcsA potassium channel upon gating
    清水 啓史, M.Iwamoto, T.Konno, 二瓶 亜三子, 佐々木 祐次, S.Oiki
    Biology in Motion 2007年01月 選考無し Cell press
  • Changes in surface exposing sites of the KcsA potassium channel upon active gating: Effect of a channel blocker, tetrabutylammonium (TBA)
    M.Iwamoto, H.Shimizu, F.Inoue, T.Konnno, Y.Sasaki, S.Oiki
    日本生物物理学会第44回年会 2006年11月 選考無し
  • Single-molecular gating dynamics of KcsA potassium channel measured by diffracted X-ray tracking
    H.Shimizu, M.Iwamoto, F.Inoue, T.Konnno, Y.Sasaki, S.Oiki
    日本生物物理学会44回年会 2006年11月 選考無し 日本生物物理学会
  • KcsA チャネルのゲーティングによる構造変化
    老木 成稔, 清水 啓史, 岩本 真幸, 今野 卓, 佐々木 裕次
    生理学研究所研究会 2006年09月 選考無し 老木成稔
  • Dynamic rearrangements of the surface structure of KcsA potassium channel evaluated by surface plasmon resonance signal
    M.Iwamoto, H.Shimizu, F.Inoue, T.Konnno, A.Nihei, Y.Sasaki, S.Oiki
    福井大学21世紀COE「生体画像医学の総合研究プログラム」ワークショップ 2006年09月 選考無し
  • ゲーティングに伴うKcsAカリウムチャネル細胞質ドメインの構造変化
    岩本 真幸, 清水 啓史, 井上 史子, 今野 卓, 佐々木 裕次, 老木 成稔
    第83回日本生理学会年会 2006年03月 選考無し
  • Surface Accessibility of the Cytoplasmic Domain of KcsA Channel Evaluated by Surface Plasmon Resonance Signal
    M.Iwamoto, H.Shimizu, F.Inoue, Y.Sasaki, S.Oiki
    50th Biophysical Society Annual Meeting 2006年02月 選考無し Biophysical Society
  • The Streaming Potential Measured by Novel Osmotic Pulse Method Revealed Variable K+-Water Coupling Rations for the HERG Potassium Channel
    H.Ando, M.Kuno, H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Oiki
    50th Biophysical Society Annual Meeting 2006年02月 選考無し
  • イオンチャネルの構造機能相関.結晶時代の電気生理学
    老木成稔, 清水啓史
    第83回日本生理学会年会.イオンチャネルの構造生物学と生理学 2005年05月 選考無し
  • 非電解質のKcsA チャネルゲーティングに対する非対称効果
    清水啓史, 老木成稔
    第83回日本生理学会年会 2005年05月 選考無し
  • Probing cytoplasmic domain of single Kcs A channel by use of surface plasmon resonance signal and planar lipid bilayer
    Iwamoto, M., Shimizu,H., Inoue,F., Konno,T., Sasaki,Y.C., Oiki,S.
    Jpn.J.Physiol.55 2005年05月 選考無し
  • A novel mehtod for the streaming potential under the whole-cell patch-clamp configuration
    Ando, H., Kuno, M., Shimizu,H., Iwamoto, M., Oiki,S.
    Jin.J.Physio.55 2005年05月 選考無し
  • Unique temperature dependence of the voltage-gated proton channel : two-phase behavior with a variable transition temperature
    Kuno, M., +Morihata, H., +Kawawaki, J., +Sakai, H., Shimizu, H., Oiki,S.,, Morihata, H., Kawawaki, J., Sakai, H., Shimizu, H., Oiki,S.
    Jpn.J.Physiol.55 2005年05月 選考無し
  • Probing cytoplasmic domain of single KcsA channel by use of surface plasmon resonance signal and planar lipid bylayer
    H.Ando, M.Kuno, H.Shimizu, M.Iwamoto, S.Oiki
    生理学研究所研究会 2005年01月 選考無し 老木成稔
  • 非電解質の中心空洞へのアクセスはKcsAカリウムチャネルの開確率を増大させる
    清水啓史, 井上史子, 今野卓, 老木成稔
    第42回日本生物物理学会年会 2004年12月 選考無し
  • イオンチャネルの構造機能相関
    老木成稔, 清水啓史
    結晶時代の電気生理学.第81回日本生理学会年会.イオンチャネルの構造生物学と生理学 2004年06月 選考無し
  • 非電解質のKcsA チャネルゲーティングに対する非対称効果
    清水啓史, 老木成稔
    第81回日本生理学会年会 2004年06月 選考無し
  • One-sided Action of non-electrolytes on the gating of KcsA Channel
    Shimizu,H., Inoue,F., Konno,T., Oiki,S.
    2418-Pos.Biophysical Society 48th Annual Meeting 2004年02月 選考無し
  • 単一チャネル分子の電流-動態同時計測にむけて:KcsAチャネル測定系の開発
    清水啓史, 宮崎拓也, 井上史子, 奥村泰章, 山田克幸, 今野卓, 佐々木裕次, 老木成稔
    第41回日本生物物理学会年会 2003年09月 選考無し
  • Sensing Alkali Cations by HERG (human ether-a-go-go related gene product) potassium channel: Ion species-specific process of C-type inactivation and TEA binding
    Shimizu,H., Oiki,S.
    4th International Symposium on Receptor Mechanisms. Signal Transduction and Drug Effects 2003年05月 選考無し

共同研究

  • 薬物によるHERGチャネル阻害部位及び阻害機構に関する研究 2005年度
  • 薬物によるHERGチャネル阻害部位及び阻害機構に関する研究 2004年度

受賞

  •  財団法人 武田科学振興財団 医学系研究奨励対象2012年11月
    「イオンチャネルの分子ゆらぎと開閉構造変化のX線1分子動画計測」
  •  文部科学省 文部科学大臣表彰若手科学者賞2010年04月
    イオンチャネル開閉構造変化のX線1分子計測についての研究
  •  社団法人 新化学発展協会 (現 新化学技術推進協会) 社団法人 新化学発展協会 研究奨励金受賞 (現 新化学技術推進協会)2009年04月
    イオンチャネル蛋白質の開閉に伴う構造変化とイオン電流の1分子同時計測システムの開発

科学研究費補助金

  • in vitro とin cellの蛋白質動態をつなぐX線1分子動態計測法の開発新学術領域研究(研究領域提案型)(継続の研究領域・終了研究領域)
    代表者:清水 啓史 2015年度
  • 膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測基盤研究(B)(一般)
    代表者:清水 啓史 2015年度
  • 蛋白質の1分子動態計測法に最適化した半導体X線検出器の開発挑戦的萌芽研究
    代表者:清水 啓史 2015年度
  • 膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測基盤研究(A)(一般)
    代表者:清水 啓史 2014年度
  • 半導体ナノ加工技術を利用したX線1分子動態計測法の開発挑戦的萌芽研究
    代表者:清水 啓史 2014年度
  • 半導体ナノ加工技術を利用したX線1分子動態計測法の開発挑戦的萌芽研究
    代表者:清水 啓史 2013年度
  • 膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測基盤研究(A)(一般)
    代表者:清水 啓史 2013年度
  • KcsAカリウムチャネルpH依存性ゲーティングダイナミクスの一分子構造機能解析基盤研究(B)(一般)
    代表者:老木 成稔 2013年度
  • 膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測基盤研究(A)(一般)
    代表者:清水 啓史 2012年度
  • KcsAカリウムチャネルpH依存性ゲーティングダイナミクスの一分子構造機能解析基盤研究(B)(一般)
    代表者:老木 成稔 2012年度
  • KcsAカリウムチャネルpH依存性ゲーティングダイナミクスの一分子構造機能解析基盤研究(B)(一般)
    代表者:老木 成稔 2011年度
  • 電場と動態:膜電位存在下でのイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測若手研究(S)
    代表者:清水 啓史 2011年度
  • エックス線1分子計測法によるイオンチャネル準安定状態の観測新学術領域研究(研究領域提案型)(公募研究)
    代表者:清水 啓史 2011年度
  • エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析特定領域研究(継続領域)
    代表者:清水 啓史 2011年度
  • エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析特定領域研究(継続領域)
    代表者:清水 啓史 2010年度
  • エックス線1分子計測法によるイオンチャネル準安定状態の観測新学術領域研究(研究領域提案型)(公募研究)
    代表者:清水 啓史 2010年度
  • イオンチャネルの構造-機能ダイナミクス:ゲーティング構造変化の単一分子解析基盤研究(A)(一般)
    代表者:老木 成稔 2010年度
  • 電場と動態:膜電位存在下でのイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測若手研究(S)
    代表者:清水 啓史 2010年度
  • イオンチャネルの構造-機能ダイナミクス:ゲーティング構造変化の単一分子解析基盤研究(A)(一般)
    代表者:老木 成稔 2009年度
  • エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析特定領域研究(継続領域)
    代表者:清水 啓史 2009年度
  • 電場と動態:膜電位存在下でのイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測若手研究(S)
    代表者:清水 啓史 2009年度
  • エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析特定領域研究(継続領域)
    代表者:清水 啓史 2008年度
  • 電場と動態:膜電位存在下でのイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測若手研究(S)
    代表者:清水 啓史 2008年度
  • イオンチャネルの構造-機能ダイナミクス:ゲーティング構造変化の単一分子解析基盤研究(A)(一般)
    代表者:老木 成稔 2008年度
  • フェムトアンペアレベルの単一チャネルノイズ解析のための統合的方法論の確立基盤研究(C)一般
    代表者:老木 成稔 2006年度
  • フェムトアンペアレベルの単一チャネルノイズ解析のための統合的方法論の確立基盤研究(C)一般
    代表者:老木 成稔 2005年度
  • 膜タンパク質二次元結晶の電気的特性とその成長過程の長時間追跡法の開発萌芽研究
    代表者:老木 成稔 2004年度
  • 膜タンパク質二次元結晶の電気的特性とその成長過程の長時間追跡法の開発萌芽研究
    代表者:老木 成稔 2003年度
  • in vitro とin cellの蛋白質動態をつなぐX線1分子動態計測法の開発新学術領域研究
    代表者:清水 啓史 2016年度
  • 膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の1分子同時計測基盤研究(B)
    代表者:清水 啓史 2016年度
  • 蛋白質の1分子動態計測法に最適化した半導体X線検出器の開発挑戦的萌芽研究
    代表者:清水 啓史 2016年度

教育活動情報

担当授業

  • 個体の調節機構とホメオスターシス
  • 形態機能論 II
  • 学生実習
  • 入門テュートリアル
  • 形態機能論Ⅱ
  • 個体の調節機構とホメオスターシス
  • 神経系
  • 形態機能論Ⅱ
  • 個体の調節機構とホメオスターシス
  • 神経系